Si estás usando git para gestionar las versiones de tu código y necesitas eliminar un fichero que ya no es necesario:
Este comando borra el fichero tanto de git como de tu sistema de archivos
git rm file.txt
git commit -m "delete file from disk and git"
Si necesitas mantener el fichero en tu sistema de ficheros pero no en git usa este comando
git rm --cached file.txt
git commit -m "delete file ONLY from git and keep at disk"